Thời kỳ Liên Xô

Tất cả các thông tin về hoàng gia Nga đều bị chính phủ lâm thời giữ bí mật hết sức có thể. Thi thể của các nạn nhân nằm trong hai ngôi mộ, các vị trí được giữ bí mật bởi các nhà lãnh đạo Liên Xô. Điều này làm trì trệ việc xác định vị trí chôn cất và xác của gia đình hoàng gia. Mặc dù được thông báo rằng "cả gia đình phải chịu chung số phận như người đứng đầu", những người Bolshevik chỉ tuyên bố cái chết của Nikolai, với thông cáo báo chí chính thức rằng "vợ và con trai của Nikolai Romanov đã được gửi đến nơi an toàn. Trong hơn tám năm, giới lãnh đạo Liên Xô đã duy trì một hệ thống thông tin sai lệch về số phận của gia đình, từ tuyên bố vào tháng 9 năm 1919 rằng họ đã bị giết bởi những người cách mạng cánh tả đến phủ nhận thẳng thừng vào tháng 4 năm 1922 rằng họ đã chết. Chính quyền Xô Viết thừa nhận vụ xử bắn vào năm 1926 sau công bố của một cuộc điều tra bởi những người Nga tản cư sau Cách mạng Nga 1917 nhưng vẫn cho rằng các thi thể đã bị phá hủy và Nội các của Lenin không chịu trách nhiệm. Việc Liên Xô che đậy các vụ giết người làm dấy lên tin đồn về những người sống sót, dẫn đến sự xuất hiện của những kẻ mạo danh Romanov (nổi tiếng là Anna Anderson) đã thu hút sự chú ý của truyền thông khỏi nước Nga Xô viết. Thảo luận về số phận của gia đình đã bị Stalin nghiêm cấm từ năm 1938.

Tranh cãi

Tổng thống Boris Yeltsin mô tả vụ xử bắn là một trong những sự kiện đáng xấu hổ trong lịch sử Nga.

Một số nhà sử học đã gán trách nhiệm cho chính phủ ở Moskva, cụ thể là Yakov Sverdlov và Lenin, những người muốn ngăn chặn sự giải cứu Hoàng gia từ quân đội Bạch vệ trong cuộc Nội chiến Nga đang diễn ra, điều này được hỗ trợ bởi một đoạn trong nhật ký của Lev Trotsky. Nhưng sau các cuộc điều tra, Đoàn Chủ tịch Toà Án Tối cao Liên bang Nga năm 2008 đã ra phán quyết: Quyết định xử bắn gia đình Sa hoàng là do Hội đồng tỉnh Ural (Уралоблсовет) đưa ra, không có bằng chứng để quy kết Sverdlov và Lenin đã ra quyết định đó.

Một cuộc điều tra do Vladimir Solovyov (điều tra viên hình sự cao cấp của Uỷ ban điều tra Liên bang Nga) dẫn đầu đã kết luận vào năm 2011 rằng, mặc dù đã kiểm tra các tài liệu lưu trữ nhà nước trong những năm hậu Xô Viết, không có tài liệu bằng văn bản nào cho thấy Lenin hoặc Sverdlov đã ra chỉ thị; tuy nhiên họ đã được thông báo về các vụ hành quyết sau khi chúng xảy ra. Các nguồn khác cho rằng Lenin và chính quyền trung ương Liên Xô muốn tiến hành một phiên tòa xét xử Sa hoàng Romanov, với Trotsky làm công tố viên, nhưng ủy ban Xô viết địa phương Ural, chịu áp lực từ các đảng phái cánh hữu và những kẻ vô chính phủ, đã thực hiện các vụ hành quyết theo quyết định ​​của chính họ khi mà quân đội Bạch vệ đang tiến gần. Khi Lenin được thông báo thì sự việc đã xảy ra rồi.

Ngoài ra, cần hiểu rõ bối cảnh lịch sử của nước Nga khi đó. Mãi cho đến khi kết thúc nội chiến vào năm 1922 thì chính phủ Xô viết mới được xây dựng hoàn chỉnh từ Trung ương đến địa phương. Còn vào thời kỳ nội chiến năm 1918, hệ thống chính trị thống nhất không tồn tại, các "Hội đồng" (tiếng Nga gọi là "Xô Viết" - khi đó chưa mang nghĩa chỉ Nhà nước Liên Xô) đều mới được thành lập tự phát trên khắp nước Nga, đa số có thành phần hỗn tạp giữa những người Bolshevik và những Đảng phái khác. Các Hội đồng này hoạt động theo kiểu tự điều hành, độc đoán, không có sự quản lý chặt của chính quyền Trung ương. Một số người thân của chính Lenin cũng từng bị Hội đồng tỉnh Ural làm hại. Vào ngày 18/1/1918, chính em họ của Lênin là Viktor Ardashev đã bị bắn chết khi chạy trốn sau một cuộc thẩm vấn của người mà sau này đã trực tiếp giết Sa hoàng là Yakov Yurovsky, một người cháu của Lênin là Grigori Ardashev cũng bị bắn vào tháng 7 năm 1918. Vào mùa hè 1918, Hội đồng tỉnh Ural này còn bắt giữ và suýt chuẩn bị xử bắn cả gia đình một người anh em họ khác của Lênin. Các sự kiện này chứng tỏ ngay cả Lênin cũng không kiểm soát được các quyết định của Hội đồng tỉnh Ural.[13]